Naruto VF raconte l'histoire de Naruto Uzumaki, un jeune ninja de Konoha qui rêve de devenir le prochain Hokage, le plus grand ninja de Konoha. Après avoir appris les arts ninjas et maitrisé le Sharingan, Naruto et ses amis affrontent des adversaires de plus en plus forts et découvrent des secrets cachés qui menacent leur village. Avec les puissantes techniques de ninjutsu et de taijutsu, Naruto et ses amis parcourent le monde pour vaincre leurs ennemis et sauver leur village.
